Consta que Alfonso I el Batallador concedió a sus pobladores el fuero de Cornago hacia 1127. El rey García Ramírez dono la villa a la Orden del Hospital de San Juan de Jerusalén (1142), que la hizo sede de una de sus encomiendas en Navarra.
A mediados del siglo XIX su presupuesto municipal era de 6.740 reales que se cubrían con el arriendo de los comercios existentes por entonces, tienda de comestibles, panadería y taberna, y con la producción de las yerbas del monte, la huerta y el trigo con el que pagaban su canon los vecinos.
Conquistada la zona a los musulmanes, el rey aragonés Alfonso I El Batallador, concede el «Fuero de Cornago» a los que vinieran a poblar el «lugar de Cabanillas». Por vez primera aparece en un documento el nombre de Cabanillas. Probablemente ya existió algún asentamiento con anterioridad a esta concesión, con gentes dedicadas a la explotación ganadera y al cultivo de las tierras más fértiles del entorno. En 1142 el rey García Ramírez dona las villas de Cabanillas y Fustiñana a la Orden Hospitalaria de los Caballeros de San Juan de Jerusalén y en 1197 ante el auge que toma la encomienda formada por dichas villas, son desdobladas formando desde entonces dos encomiendas independientes.
A finales del siglo XII se inicia la construcción de la iglesia románica Sanjuanista, considerada la joya románica más meridional de Navarra, restaurada hace unos años por la institución Príncipe de Viana.
En 1252, el rey de Navarra, de la casa francesa de Champaña, Teobaldo I, concede permiso a las villas de Cabanillas y Fustiñana y a la Orden Hospitalaria, para hacer presa en el río Ebro y abrir acequia para regar sus tierras, siempre que dejasen paso para las naves. Las dos villas y la orden militar, construyeron las tres primeras leguas de acequia, llamándose entonces «Acequia del Ebro». En 1444, el Príncipe de Viana, concede ese derecho a la villa de Tauste, y es desde entonces cuando comienza a denominarse Acequia de Tauste. En 1558, Felipe II concede la participación en la misma, a la villa de Buñuel, viendo los cuatro pueblos condueños confirmados sus derechos, privilegios y concesiones por los reyes Felipe III, Felipe IV y Felipe V. Incautado por la corona (1781-1848) y agregado a las obras del Canal Imperial de Aragón, su modernización y la construcción de un dique de contención en el río Ebro, mejoraron sustancialmente la utilidad del canal y el aprovechamiento de tierras hasta entonces improductivas.
Por otro lado, desde época medieval, Cabanillas, forma parte junto con Fustiñana, Tudela, Cortes, Buñuel, Carcastillo, Mélida, Caparroso, Villafranca, Cadreita, Valtierra, Arguedas, Santacara, Marcilla, Falces, Peralta, Funes, Milagro y Corella, el Monasterio de la Oliva y los valles de Roncal y Salazar, la comunidad de Bardenas Reales de Navarra.
El canal de Tauste y las Bardenas Reales, han sido los dos pilares fundamentales sobre los que se ha basado la supervivencia de Cabanillas, durante sus más de 800 años de existencia, hasta fechas recientes.